管家婆论坛新版2020

CIRCRNA测序

产品概述

环状RNA(circular RNA,circRNA)是近年来发现的一种新型调控RNA,最初被认为是细胞内存在的一种“假象”,随着高通量测序技术的发展,大量circRNA被鉴定出来,其功能也得到逐步阐释。已有研究表明,部分circRNA能通过吸附miRNA间接调控靶基因表达发挥miRNA-Sponge功能,并在肿瘤、心血管以及神经系统疾病等多种不同疾病的发生发展过程中起重要作用。


技术路线



重要参数指标

样品要求


样品类型:新鲜组织、细胞等

样本总量:RNA不低于10μg

样品质量:无明显降解,浓度不低于200ng/μL

 

测序策略 PE150bp

数据量 10G/15Gb






案例分析

管家婆论坛新版2020 案例解析-环状RNA与大脑发育关系研究


随着高通量测序技术的发展,大量环状RNA被鉴定出来,越来越多研究表明环状RNA具有重要的调控功能。本研究第一次系统性的鉴定了哺乳动物脑部的环状RNA表达谱,发现在脑部表达量丰富的环状RNA在物种间是比较保守的,在神经系统分化与发育过程中某些环状RNA表达上调,并且发现在神经突触中某些环状RNA与ADAR1的表达呈负相关关系,表明环状RNA在哺乳动物的神经发育及脑发育过程中有着重要的作用,为进一步深入探索环状RNA的功能奠定了基础。


图一、环状RNA在不同部位表达差异                              图二、环状RNA在物种间保守性分析


Agnieszka Rybak-wolf,et al.Cricular RNAs in the Mammalian Brain Are Highly Abundant,Conserved,and Dynamically Expressed.Moelcullar Cell,2015.


案例解析-外泌体中存在环状RNA


外泌体是细胞经过“内吞-融合-外排”等一系列调控过程而形成的细胞外30-100纳米级小囊泡。外泌体通过携带蛋白、运送核酸等在细胞间物质和信息转导中起重要作用。外泌体可能通过调控免疫功能,促进肿瘤血管新生和肿瘤转移,以及直接作用于肿瘤细胞等途径影响肿瘤的进展。目前对外泌体的研究主要集中在外泌体提取、纯化以及内含物分析上。本研究通过环状RNA测序技术,首次在外泌体中鉴定出环状RNA的存在,为后续外泌体与环状RNA关系以及功能研究奠定了基础。

图三、环状RNA稳定且大量的存在于外泌体中,本研究在细胞及外泌体中分别发现5484及6751个环状RNA


图四、血浆外泌体中鉴定出1215个环状RNA,这些环状RNA来源于不同的基因组元件


Yan Li,et al.Cirular RNA is enriched and stable in exosomes: a promising biomarker for cancer diagnosis. Cell Research, 2015.




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