管家婆论坛新版2020

转录组测序

产品概述

转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,目前该测序技术主要针对mRNA。转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点,通过新一代高通量测序,能够全面快速地获取某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息,已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。


技术路线



重要参数指标

样品要求


样品类型:新鲜组织、细胞、FFPE

样本总量及浓度:RNA不低于5μg

样品质量:无明显降解

样品浓度:不低于200ng/μl

 

测序策略 PE150bp

数据量 4G/5G/6G/7G/8G/9G/10G




案例分析

管家婆论坛新版2020 案例解析-肿瘤基因选择性剪切研究


管家婆论坛新版2020 选择性剪切事件失调是肿瘤重要的分子特征,但是选择性剪切的组织特异性增加了研究的复杂性。本研究通过生物信息学方法整合TCGA项目的1149例样本的转录组数据,获得了肿瘤特异的剪接图谱,鉴定出了多种肿瘤中高发的一组选择性剪切事件。


图一、肿瘤特异的AS事件相关基因蛋白互作网络

Yihsun S. Tsai, et al. Transcriptome-wide identification and study of cancer-specific splicing events across multiple tumors. 2014. Oncotarget.

利用STRING数据库对肿瘤特异的选择性剪切相关的基因进行蛋白互作分析( PPI ),发现173个彼此紧密关联的基因,其中最大的两类主要由G1-S和G2-M细胞周期检验点调控基因组成;最大的一类基因集主要由纺锤体形成、细胞分裂和有丝分裂相关基因组成。


案例解析-乳腺癌发病机制的转录组研究


管家婆论坛新版2020 早期乳腺癌的诊断指标是基于解剖学特征的,但其导致乳腺癌发展的分子机制基础仍然不明确,本研究对来自25个患者的早期乳腺癌肿瘤、正常乳腺组织及乳腺癌样本进行转录组测序,发现早期肿瘤样本的转录模式与正常样本和乳腺癌样本都有差异,其中包括一些原致癌基因,如ERBB2、FOXA1和GATA3等,这些基因的蛋白产物表达量变也已经得到免疫组化技术的验证。这些基因可以作为潜在的乳腺癌发生早期分子鉴定的候选基因。

图二、聚类分析表明,早期肿瘤与正常组织和乳腺癌的表达模式有明显差异

Alayne L Brunner, et al. A shared transcriptional program in early breast neoplasias despite genetic and clinica distinctions. Genome biology, 2014.



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