管家婆论坛新版2020

染色质免疫共沉淀测序 (CHIP-SEQ)

产品概述

染色质免疫共沉淀(ChIP)是在体内环境中研究蛋白质与DNA相互作用的经典实验方法,广泛应用于组蛋白修饰、转录因子调控等研究领域。随着新一代测序技术的发展和成熟,染色质免疫沉淀实验与高通量测序的整合——Chromatin Immunoprecipitation Sequencing(简称ChIP-Seq),可在全基因组范围对蛋白结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,也为进一步的功能研究打下基础。ChIP-Seq技术采用特异性抗体对目的蛋白进行免疫沉淀,分离出与蛋白结合的基因组DNA片段,通过高通量测序与数据分析,在全基因组范围内寻找与目的蛋白结合的DNA位点,并可基于多个样品进行差异比较。

ChIP-Seq技术采用特异性抗体对目的蛋白进行免疫沉淀。


技术路线



重要参数指标

样品要求

样品类型:ChIPed DNA(可从ChIP实验室开始)

样本总量:DNA总量不低于20hg

样品质量:浓度不低于10ng/μL


测序策略 SE50bp

数据量 10M/20M/40M reads



案例分析

案例解析-通过CHIP-SEQ在全基因组范围内确定SOX11靶基因


肌萎缩侧索硬化(ALS)是一种致命的神经性疾病,其发病机制尚不十分清楚。本研究利用高通量测序技术,对47例ALS病人及其正常父母组成的TRIOs在内共141例样本的外显子区域进行测序,鉴定出神经元染色质重塑复合体组分SS18L1/CREST的一个denovo突变与ALS发病相关,动物模型试验也证明该基因突变与神经发育异常相关,为后续深入研究ALS的病理基础奠定了基础。


图一、SOX11基因组结合位点                                                           图二、SOX11结合位点motif预测分析



Pei-Yu Kuo, et al. High resolution Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) sequencing reveals novel bindings targets and prognostic role for SOX11 in Mantle cell lymphoma. Oncogene, 2015.

管家婆论坛新版2020 案例解析-利用CHIP-SEQ发现SHP蛋白新的重要调控靶基因SREP-2



SHP蛋白是很多转录因子的协同抑制因子,在全基因组范围内广泛参与多种生物学通路,例如FGF19调控的胆汁合成。本研究通过ChIP-Seq分析发现SHP蛋白与调控胆固醇合成的基因SREBP-2有广泛的共定位。进一步研究发现FGF19诱导的SHP蛋白Thr-55磷酸化能够增强SHP蛋白与SREBP-2的功能互作,从而降低血液或肝脏中的胆固醇水平。




74%的SHP结合位点位于FGF19                                                          功能富集分析SHP靶基因
转录起始位点上游1kb以内 主要集中于代谢相关的通路中



Young-Chae Kim,et al. Liver ChIP-Seq analysis in FGF19-treated mice reveals SHP as a global transcriptional partnrt of SREBP-2. Genome bioligy, 2015.


案例解析-利用CHIP-SEQ发现SHP蛋白新的重要调控靶基因SREP-2

SHP蛋白是很多转录因子的协同抑制因子,在全基因组范围内广泛参与多种生物学通路,例如FGF19调控的胆汁合成。本研究通过ChIP-Seq分析发现SHP蛋白与调控胆固醇合成的基因SREBP-2有广泛的共定位。进一步研究发现FGF19诱导的SHP蛋白Thr-55磷酸化能够增强SHP蛋白与SREBP-2的功能互作,从而降低血液或肝脏中的胆固醇水平。

图三  74%SHP结合位点位于FGF19转录起始位点上游1kb以内



图四  功能富集分析SHP靶基因主要集中于代谢相关的通路中

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Young-Chae Kim,et al. Liver ChIP-Seq analysis in FGF19-treated mice reveals SHP as a global transcriptional partnrt of SREBP-2. Genome bioligy, 2015.






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