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DNA外显子测序

产品概述

外显子测序是利用特制的探针对感兴趣的蛋白编码区DNA序列进行捕获,并对富集后DNA进行高通量测序的基因组学研究方法。结合大量的公共数据库信息,该方法能够快速获得外显子区域的遗传突变,不仅广泛应用于鉴定与疾病、重要遗传性状以及种群进化相关的编码区域内的遗传突变,而且能够高效的用于研究变异之间的关联以及疾病的致病机理。



技术路线



重要参数指标

样品要求

样品类型:新鲜组织、细胞、FFPE

样本总量及浓度:DNA不低于3μg

样品浓度:不低于20ng/μL

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测序策略

肿瘤组织:不低于60X,建议100X

本底或正常对照:不低于30X,建议100X单基因病:不低于50X,建议100X






生物信息分析

基本分析

● 数据质控

● SNP/InDel突变统计、注释


肿瘤高级分析

● 基于质谱case/control样品成对初步鉴定(建议在测序前进行)
● 成对样品的Somatic SNV、Indel检测、注释及统计
● 成对样品肿瘤外显子CNV检测(ExomeCNV)
● 成对样品SNV/InDel的COSMIC数据库注释分析
● 成对样品SNV的保守型预测
● 影响氨基酸改变的突变基因的数据库注释分析


单基因病高级分析

● 筛选影响功能元件的变异
● 筛选出的突变与已知数据库的注释和过滤(1000Genome,dbSNP等)
● De novo突变分析等
● HMM预测
● 氨基酸保守性预测
● Go功能注释分析和KEGG通路富集分析等


研究方向


案例分析

肌萎缩侧索硬化(ALS)是一种致命的神经性疾病,其发病机制尚不十分清楚。本研究利用高通量测序技术,对47例ALS病人及其正常父母组成的TRIOs在内共141例样本的外显子区域进行测序,鉴定出神经元染色质重塑复合体组分SS18L1/CREST的一个denovo突变与ALS发病相关,动物模型试验也证明该基因突变与神经发育异常相关,为后续深入研究ALS的病理基础奠定了基础。

管家婆论坛新版2020 图一、47个ALS患者及正常父母样本


图二、SS18L1/CREST的de novo突变导致翻译提前终止

Alessandra Chesi et al. Exome sequencing to identify de novomutations in sporadic ALS trios. Nat Neurosci,  2013.




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