管家婆论坛新版2020

宏基因组测序

产品概述

自然环境中超过99%的微生物不能用传统的方法进行分离培养,极大地限制了微生物基础及应用研究的发展。宏基因组学的研究方法避开了传统培养技术的不足,提供了一条探知微生物多样性结构和功能基因组的免培方法。基于高通量测序的宏基因组学,通量大、数据产出多,能够在获得环境物种组成和丰度信息的同时研究功能基因以及种间代谢网络等。



技术路线



重要参数指标

样品要求


样品类型:环境基因组DNA

样本总量:总量不低于5μg

样品质量:无明显降解,浓度不低于50ng/μL


测序策略 PE150

文库类型 5G/10G raw data



生物信息分析

首先通过测序组装分析预测基因组组分,在此基础上构建非冗余基因集并进行功能注释分析以鉴定环境功能基因。同时在多样本间进行比较分析,可进一步发掘和研究具有特定应用价值的基因及微生物群落内部、微生物与环境的相互关系。构建的环境微生物基因集可为环境微生物的研究、开发和利用提供基因资源库。



案例分析

案例解析-肝硬化的宏基因组分析

肝硬化是由多种慢性肝炎引起的世界性肝脏疾病,诱发因素众多,包括过度摄入酒精、肥胖以及肝炎病毒感染等。该研究从宏基因组角度研究肠道微生物与肝硬化的关系,搜集181例患病与正常汉族人粪便样本进行宏基因组测序,成功构建肝硬化相关肠道微生物基因集,发现超过7万病人特有表达基因;聚类分析进一步将基因分成近70组,约30组在病人中富集。通过与T2D以及炎症性肠病基因集比较,鉴定出15个高度精确的病人区分标记,并在独立人群中获得验证。



图一 差异表达基因在正常与管家婆论坛新版2020患病人群中丰度分布              图二  门、属和种等层面丰度分析


Nan Qin, et al. Alterations of the human gut microbiome in liver cirrhosis. Nature, 2014.





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