管家婆论坛新版2020

桃子师姐的lncRNA探索之旅

2020-02-27

国自然撰写之lncRNA篇

LncRNA从2011年开始进入国自然基金申请的竞选中,后面开始发挥其独特魅力,基本保持增长状态,到2019年关于lncRNA项目中标数量达到356个,合计金额14212.1万,虽然和2018年的365个(14899.32万)相比有所下降,但是可以预见2020年关于lncRNA的研究项目基本还是能保持在300个以上的,所以2020年基金选择lncRNA也是一个不错的选择。

管家婆论坛新版2020 表1:lncRNA研究项目近年中标基金项目统计

图片来源网址:http://www.letpub.com.cn/index.php?page=grant#fundlisttable

管家婆论坛新版2020 lncRNA是长度大于200个核苷酸的长非编码RNA (long non-coding RNA),许多lncRNA包含一个5 '帽、多个外显子和3’聚腺苷酸、lncRNA其中一些转录本是基因间的,而另一些转录本是由接近或部分重叠于蛋白编码基因的基因组区域产生的。根据与邻近编码基因的相对位置,lncRNA一般可分为基因间、反义、发散、内含子和增强子lncRNA,其可以定位在细胞核和细胞质中,由于高通量测序技术的普及,越来越多的lncRNA被发现,同时也有文献报道lncRNA参与调控各类疾病,例如肿瘤、高血压、缺血性中风、脂肪形成等[1-4]。

 

LncRNA参与调控疾病的主要调控方式为:①通过miRNA起作用,作为miRNA的前体,ceRNA机制吸附miRNA等;②调控circRNA,可以作为circRNA的前体,可以和circRNA竞争性结合miRNA等;③直接调控基因,可以作为mRNA转录的增强子促进mRNA转录,可以和DNA结合调控DNA的修饰影响转录;④参与调控蛋白,lncRNA可以翻译蛋白,lncRNA能够和转录因子、RNA调控相关酶结合改变基因的转录、稳定性和翻译,也能和蛋白结合影响蛋白的活性[4-11]。

管家婆论坛新版2020 图1:lncRNA作用方式简图

管家婆论坛新版2020 A. B图片参考文献:Transcriptional and Post-transcriptional Gene Regulation by Long Non-coding RNA

管家婆论坛新版2020 C图片参考文献:The MBNL3 splicing factor promotes hepatocellular carcinoma by increasing PXN expression through the alternative splicing of lncRNA-PXN-AS1

2019年主题是lncRNA的研究申请的基金项目总共有6类,包括重点项目、联合基金项目、面上项目、地区科学基金项目、青年科学基金项目和国际(地区)合作与交流项目,其中最多是青年科学基金项目、其次是面上项目

表2:15个2019年中标的申请基金项目简介

下面以2篇已经中标的lncRNA研究的青年基金摘要进行讲解一般lncRNA研究方案

01

长链非编码RNA在镉毒作用中的表达谱筛选及功能研究,金额23万

摘要:

研究显示:长链非编码RNA(lncRNA)与DNA损伤与修复、DNA甲基化及组蛋白乙酰化有关。项目申请人在前期研究发现,镉能引起DNA损伤与DNA修复基因表达下调,并引起异常甲基化和乙酰化。但其机制是否与lncRNA的调控有关?未见报道。本项目拟通过高通量的LncRNA芯片和生物信息学技术筛选出镉恶性转化人支气管上皮细胞(16HBE)中LncRNA差异表达谱,通过镉作业人群进行验证,并进一步运用LncRNA过表达技术和LncRNA沉默技术探索和验证镉毒作用中LncRNA在细胞周期,细胞凋亡、DNA损伤、DNA修复和DNA甲基化和组蛋白乙酰化中的调控功能;经过表遗传逆转,探索LncRNA和甲基化和乙酰化的互调控作用。本项目将为寻找LncRNA作为镉毒早期生物标志物的研究奠定基础,为探讨镉毒性和致癌机制研究提供新的思路,对阐明LncRNA在镉毒性中的的调控功能有积极的意义。

 

研究套路为:

1) 探索要研究的小领域是否有做过lncRNA研究,如果没有后续可以通过高通量测序发现新的lncRNA参与调控该领域

2) 验证筛选的lncRNA的作用,一般是从细胞和动物水平进行验证

管家婆论坛新版2020 3) 寻找lncRNA作用机制

02

RERT-lncRNA调控EGLN2在肝细胞肝癌发生中的作用机制研究,金额23万

摘要:

管家婆论坛新版2020 长链非编码RNAs(lncRNAs)在基因组中广泛表达并以RNA的形式在多种层面调控基因表达。已有研究表明lncRNAs的异常表达与肿瘤的发生发展密切相关。我们近期的研究发现:位于prolyl羟化酶(EGLN2)远端启动子的一个遗传多态(rs10680577)与肝细胞肝癌(HCC)的发生、预后及EGLN2表达存在显著性相关,而这种相关不是该多态影响EGLN2启动子的转录而调控其表达。我们注意到EGLN2及其上游基因间存在一个通读长链非编码RNA(RERT-lncRNA),我们推测该多态可能通过影响长链非编码RNA的表达从而实现对其下游基因EGLN2的调控,进而参与HCC的发生和预后。本课题拟采用基因型-表型关联结合功能实验方法研究遗传多态、RERT-lncRNA和EGLN2三者间的依存关系及其对肿瘤细胞特征的影响,以期阐明遗传因素-lncRNA-EGLN2通路在HCC发生发展中的作用机制。

    

 研究套路为:

1) 找要研究领域里已经研究过关键因子可能有关联lncRNA,可以是同一基因来源附近的lncRNA转录本,也可能是该基因能够作用的miRNA对应的lncRNA,也可能是通过预测能够和关键因子结合的lncRNA,还有可能是在比较关联研究领域有研究过的lncRNA

管家婆论坛新版2020 2) 验证根据前期调研筛选的lncRNA在本研究领域中的作用

3) 研究lncRNA作用的关键分子的调控作用

管家婆论坛新版2020 4) 最后在临床样品中进行验证lncRNA、关键分子的定位和表达,以及与临床病理的相关性

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一般lncRNA研究会涉及到实验技术有:

1) lncRNA干扰或过表达后检测lncRNA的功能:干扰片段的构建,过表达质粒的构建,lncRNA过表达或是干扰慢病毒构建,利用CrisprCas9来构建lncRNA过表达或敲除稳定株

管家婆论坛新版2020 2) 研究lncRNA与miRNA/mRNA/蛋白相互作用:利用lncRNA探针进行RNA pull down后QPCR或是测序检测与其结合的RNA、western blot或是质谱检测和结合的蛋白检测,IF/FISH/ISH/IHC检测lncRNA和其作用的分子的共定位

管家婆论坛新版2020 3) 研究lncRNA能够sponge miRNA,lncRNA能够促进mRNA的转录:荧光素酶报告基因检测

4) 如果涉及到动物实验,需要根据要研究的领域选择相应动物模型,进行lncRNA的检测或是lncRNA干预LncRNA无论是从中标率、可行性分析、以及后续文章发表来看,都是你国自然基金研究主题选择之一

广州库基生物是广州永诺生物旗下专注科研服务的全资子公司,拥有SPF级动物房,具有全面的分子生物实验、细胞实验平台、病理实验平台,同时拥有先进的高通量测序平台、单细胞测序平台和强大的生物信息学分析团队,更拥有强大的课题设计和执行脑力支持。可以提供LncRNA研究所涉及到慢病毒构建、稳定株构建、RNA pull down、RNA高通量测序、蛋白质谱鉴定、荧光素酶报告基因检测、以及转基因和疾病模型的动物相关检测实验服务,能够解决你研究lncRNA的所有顾虑,助力你获得国自然基金。 

我们后续将从m6A、外泌体、circRNA、单细胞测序、肠道微生物这几个方面继续分析国自然撰写,欢迎持续关注我们

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